Berdasarkan Piagam Kerjasama antara Universitas Malikussaleh dengan Universitas Andalas yang ditandatangani pada 25 November 2006, Universitas Malikussaleh telah mengirimkan 29 orang tenaga analis dan teknisi untuk magang di Fakultas Kedokteran Universitas Andalas di Padang. Magang dilaksanakan pada tahun 2007 selama dua minggu di Laboratorium Ilmu Alam Dasar (Kimia Kedokteran, Fisika Kedokteran, Biologi Kedokteran), Laboratorium Biomedik (Fisiologi, Biokimia Histologi, Anatomi, Mikrobiologi, PatologiAnatomi, Patologi Klinik, Farmakologi), Sekretariat Dekan dan MEU (Medical Education Unit).

Fakultas Kedokteran Universitas Malikussaleh melaksanakan seleksi penerimaan mahasiswa baru untuk angkatan pertama yang dilaksanakan pada tanggal 3 November 2008 dan menerima sebanyak 53 orang mahasiswa. Pada tahun 2009 sampai 2020 jumlah mahasiswa terus bertambah. Kemudian pada tahun ajaran 2020-2021 jumlah mahasiswa FK UNIMAL mencapai 96 mahasiswa di tiap angkatannya. Saat ini FK UNIMAL memiliki 4 program studi dengan status akreditasi masing-masing adalah B.