Universitas Malikussaleh dan Universitas Andalas telah menandatangani Piagam Kerjasama pada 25 November 2006. Izin penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dokter pada Universitas Malikussaleh diterbitkan oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional pada tanggal 29 Juli 2008 No 2427/D/T/2008. Surat izin diterbitkan berdasarkan rekomendasi dari Konsil Kedokteran Indonesia (KKI) No KD.02.01.01.966 tertanggal 3 Juni 2008.

Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh merencanakan Rumah Sakit Umum Daerah Cut Meutia Lhokseumawe sebagai rumah sakit pendidikan bagi mahasiswanya. Untuk itu, Rektor Universitas Malikussaleh dan Kepala Badan RSUD Cut Meutia telah menandatangani Memorandum of Understanding dengan diketahui oleh Kepala Kantor Dinas Kesehatan Daerah Tingkat II Aceh Utara pada tanggal 17 Juli 2007.

Berdasarkan Piagam Kerjasama dengan Universitas Andalas tersebut, Universitas Malikussaleh telah mengirimkan 29 orang tenaga analis dan teknisi untuk magang di Fakultas Kedokteran Universitas Andalas di Padang. Magang dilaksanakan pada tahun 2007 selama dua minggu di Laboratorium Ilmu Alam Dasar (Kimia Kedokteran, Fisika Kedokteran, Biologi Kedokteran), Laboratorium Biomedik (Fisiologi, Biokimia Histologi, Anatomi, Mikrobiologi, Patologi Anatomi, Patologi Klinik, Farmakologi), Sekretariat Dekan dan MEU (Medical Education Unit).

Selanjutnya Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh telah melakukan tiga kali pelatihan mengenai pengenalan Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) yaitu pada tanggal 4 – 29 Februari 2008 yang diikuti sebanyak 15 orang staf pengajar dengan strategi pengajaran Problem Based Learning (PBL), pelatihan tutor, skills lab, penyusunan skenario, PBL dan sistem evaluasi mahasiswa, pengembangan skills lab dan pelatihan instruktur, pada tanggal 19 – 24 Oktober 2009 juga diadakan pelatihan tutordengan strategi pengajaran Problem Based Learning (PBL) yang diikuti oleh 19 orang staf pengajar, serta pada tanggal 2 – 7 November 2009 dilakukan pelatihan skills labdan pelatihan instruktur.

Selanjutnya, dua orang staf pengajar tetap Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikusaleh (dr. Mulyati Sri Rahayu & dr. Zubir) telah melakukan magang selama satu minggu sejak tanggal 4-8 Mai 2009 di 6 laboratorium (Histologi, Anatomi, Fisiologi, Biokimia, Patologi Anatomi dan Parasitologi) serta Medical Education Unit Fakultas Kedokteran Universitas Andalas Padang. Magang bertujuan untuk meningkatkan pemahaman dan pengalaman pelaksanaan praktikum dasar di masing-masing laboratorium guna menunjang proses belajar mengajar di Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh.

Staf pengajar PSPD Unimal juga telah mengikuti pelatihan Program Pengembangan Keterampilan Dasar Teknik Instruksional (PEKERTI) dalam rangka peningkatan kompetensi profesional dosen dalam memangku jabatan fungsional, terutama dalam pengembangan keterampilan pedagogis. Kegiatan ini dilakukan pada tanggal 5 – 10 April 2010 yang diikuti oleh 23 orang staf pengajar.

Berikutnya Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh melaksanakan seleksi penerimaan mahasiswa baru untuk angkatan pertama yang dilaksanakan pada tanggal 3 November 2008 dan menerima sebanyak 53 orang mahasiswa. Pada juni 2009 Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh kembali menerima mahasiswa baru angkatan kedua melalui Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN) dan melalui ujian Lokal dan menerima sebanyak 64 mahasiswa. Angkatan ketiga diterima pada juni 2010 sebanyak 63 orang melalui Ujian masuk Bersama (UMB) dan Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN). Perkuliahan berlangsung di kampus Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh di kampus Cunda, beralamat di Jalan H. Meunasah Uteunkot, Cunda Lhokseumawe, Aceh.

Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh juga mengikuti kompetisi nasional yang diadakan dikti dan berkat kerjasama seluruh staf pengajar dan stakeholder alhamdulillah Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh telah memenangkan Program Hibah Kompetisi Peningkatan Kualitas Pendidikan Dokter (PHK – PKPD) pada tanggal 15 februari 2010. Dana yang diperoleh dari program ini akan dipergunakan untuk peningkatan kualitas proses pembelajaran baik dari segi fasilitas pembelajaran dan juga sumberdaya manusia. Setelah kunjungan (Site Visit) dari tim visitasi program hibah kompetesi ke program studi pendidikan dokter universitas malikussaleh pada tanggal 29 – 30 Juni 2010, maka pada tanggal 26 Juli 2010 PSPD Unimal dinyatakan lolos seleksi hasil evaluasi Site Visit program hibah kompetesi PHK peningkaan kualitas pendidikan dokter dan berhak mendapatkan pendanaan untuk setiap program yang diusulkan.

Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh juga telahmerayakan Dies Natalis yang ke-2jatuh pada tanggal 29 juli dengan serangkaian acara diantaranya pengobatan massal sebanyak 251 pasien dan khitanan sebanyak 22 pasien di daerah Nisam Aceh Utara pada tanggal 17 juli 2010,kemudian tanggal 21 juli 2010 diadakan acara temuwicara dengan siswa-siswi yang ada di Aceh Utara,Lhokseumawe dan kabupaten Bireuen tentang dampak rokok bagi kesehatan remaja serta memperkenalkan PSPD juga ada open house memperlihatkan ruang kuliah, alat dan ruang Skills Lab, alat dan ruang praktikum biomedik dengan jumlah peserta sebanyak 120 orang. Dalam rangkaian itu juga PSPD pada tanggal 25 juli 2010 mengadakan jalan santai yang dibuka oleh pembantu Rektor I Rasyidin,S.Sos, MA yang di ikuti 210 peserta, lomba mewarnai diikuti17 orang anak tingkat TK dan 44 orang tingkat SD sertalomba menyanyi di ikuti sebanyak 24 orang anak. Seluruh peserta berasal dari akademisi, staf / karyawan Unimal,IDI Aceh Utara-Lhokseumawe serta seluruh anggota keluarga. Dengan seluruh rangkaian acara ini diharapkan masyarakat dapat mengenal dan merasakan manfaat keberadaan Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Malikussaleh.